本文作为本人@takooctopus深入学习用于MS上一点教程摘录，这个博客遵照着中国科技大学超级计算中心等一干网站的教程，特此列出，表示感谢。
关于Material Studio 在Linux系统下的安装
还是如常，因为我们使用的是超算，对于超算来说，可以本机当作客户端，也可以当成服务端。对于Material Studio来说，其有一个Gateway模式，使用了服务端/客户端的模式，可以让用户通过Win上的软件在服务器端上进行优化。但请注意：
一般来说超算中心除了服务器，其他什么东西都不会提供，请自备相关的软件和许可。
现在你已经有了登录系统用的用户名(假使tako)和密匙(假使octopus)。
提交前准备工作
将本地文件上传至服务器
为了登录进入远程服务器，需要ssh。
Windows上ssh软件有很多，常用的有WinSCP或者是Putty等一众软件。
而Linux则直接使用命令行
启动一个新的终端,在新终端下使用scp命令来远程复制文件或文件夹。代码中$是Shell提示符，使用时无需输入，此后不再说明。
复制文件（将本地文件复制到你的Home文件夹下，需要输入你的登录密码，username为用户名。）
{{- code -}}
复制文件（将服务器文件复制到你当前计算机的当前目录下，需要输入你的登录密码，username为用户名。）
{{- code -}}
复制文件夹（将本地文件夹复制到你的Home文件夹下，需要输入你的登录密码，username为用户名。）
{{- code -}}
复制文件夹（将服务器文件夹复制到你当前计算机的当前目录下，需要输入你的登录密码，username为用户名。）
{{- code -}}
如果不想使用 scp 命令，可以利用 sshfs 将服务器的 home 目录挂载到本地。这并不会消耗你本地的存储空间。
首先，使用如下命令安装 sshfs 应用
{{- code -}}
其中 apt-get 是 ubuntu/debian 的安装包管理器，如果你在使用其它 linux 发行版，请使用相应的安装包管理器进行安装。
安装完毕后，在你喜欢的本地目录下建立挂载点，为了方便，可以选择个人的本地 home 文件夹。
{{- code -}}
其中workstation为挂载点的名称，可以随意填写。
最后，将服务器端的 home 文件夹挂载到本地
{{- code -}}
其中username为你用户名，ip_address为服务器的地址。上面命令的最后一个 workstation 表示将服务器文件夹挂载到刚创建的挂载点 workstation 上。使用时请将其替换成你实际创建挂载点的路径。
挂载成功后，你可以从挂载点处（在本说明中为个人 home 文件夹下的 workstation 目录）直接访问你的服务器远端的目录，非常方便。
当你不需要使用服务器文件时，需要将服务器挂载目录卸载。命令为
{{- code -}}
Material Studio的安装说明
- 1) 登录到服务器后，在个人计算账号下建立一个软件安装文件的存放目录，比方说soft，将软件安装包Materials Studio60.tar以及软件许可msi.lic上传至soft文件夹下。
{{- code -}}
- 2) 解压缩文件 Materials Studio60.tar 得到 Materials Studio60 文件目
录，进入 Materials Studio60 文件目录开始安装。
{{- code -}}
执行安装命令./install 并导入软件许可。一般以非root身份用户安装(就是你现在的账号了，反正你也不是管理员，root也用不了)安装过程中均默认即可，会在个人账号根目录下生成Accelrys 目录。
{{- code -}}
若安装开始时，遇到“Bundled JRE is not binary compatible with host OS/Arch or it is corrupt. Testing bundled JRE failed.”的错误提示，请安装一下 glibc 的 32 位库文件。
若超算中心禁止用户使用客户端/服务器端模式使用 Materials Studio 软件，因此软件安装完成后，请将 gateway 进程停用：
{{- code -}}
再导入软件许可：
{{- code -}}
- 3) 软件及环境变量配置：
要能直接使用命令，就需要对软件配置和环境变量等进行配置。
编辑文件 gw-info.sbd 将其中 cpucorestotal 参数以及 gwparams.cfg文件中gw_cpucorestotal参数均设置为系统全部CPU总核数(具体多少问管理员吧，几百一般得有吧，好几千也可能)。
其他系统上此处配置请设置为当时系统的 CPU 总核数。
要问核数是多少？要不就去问管理员，当然或许自己算也行：
{{- code -}}
{{- code -}}
编辑文件.bashrc，设置环境变量参数：（如果用的其他终端，要修改对应的环境变量）
{{- code -}}
添加如下几行(加环境变量了)：
{{- code -}}
保存退出后，重新登录系统，或执行：
{{- code -}}
RunCASTEP.sh 命令在以后提交作业时可直接使用，不必再写完整路径。
作业文件输入
一般的，使用CASTEP模块进行优化，以其为例。
-
1) 打开 Materials Studio 客户端软件界面，建立相关模型，并在Castep 的 Calculation 对话框中设置相关的参数；
-
2) 在Calculation对话框中选择File ->Save Files，此时在Project Explorer中生成一个新的文件目录，其中包含了使用命令行运行 Castep 的输入文件；
-
3) 使用Tools –>File Transfer功能将第2步产生的新目录内文件上传到服务器上，准备计算。计算完成后，亦可使用 File Transfer 功能将计算结果文件下载至工作目录内。上传和下载的时候，请确认是在工作目录内，否则传得文件会不正确。
在第(3)步时，也可以自己将整个文件夹上传至服务器工作目录。
测试计算：
将计算所需输入文件上传到服务器上之后，就可以使用RunCASTEP.sh进行优化了，其参数设置可以使用RunCASTEP.sh -h进行查看。
提交作业命令为：
{{- code -}}
-q 指定使用normal队列，可根据系统上队列设置以及计算需要指定为其他队列(有什么队列还是看超算管理员设置的)
-np 指定提交的作业使用的进程数，可根据队列设置以及计算需要指定为其它数值
seedfile 请替换为自己实际提交计算作业时的种子文件名
关于Material Studio的其他应用，请参阅相关博文–>material studio Linux下使用手册